Pod koniec to przede wszystkim Gendo zdaje sobie sprawę z własnych wad. Gendo może nie jest krystaliczny, ale nie jest teżostatnią szują. On na swój sposób kocha Shinjiego, jednak zwyczajnie się go boi. Gendo ma swój charakter człowieka, który zrobi wszystko, by osiągnąć cel, co trudno jest zrozumieć Shinjiemu (co z resztą dziwne wcale nie jest).
Shinji obwinia ojca o śmierć matki. Rozpłynięcie się Yui nie było winą Gendo, lecz jej świadomą decyzją. Shinji obwinia Gendo o wypadek Toujiego. Pomijając fakt, że najważniejszy w tej chwili był unit 01, Gendo poniekąd broni Shinjiego przed śmiercią (samobójczą. Shin w końcu chce prędzej zginąć, niż zranić druga osobę). Gendo miał w tym przypadku inne priorytety. Shinji obwinia ojca, że ten go zostawił. Później dowiadujemy się, że to jednak Shinji uciekł "od ojca i matki", jak ukazuje to 20 odcinek.
Reasumując, Shinji przenosi swoje negatywne odczucia na ojca. Staje się on uniwersalnym wytłumaczeniem nienawiści Shinjiego do samego siebie.