Odpowiedź na to pytanie zależy od tego, czy w planie Gendo miało być rozpuszczenie reszty ludzkości, czy nie. Jeżeli Gendo nie chciał rozpuszczać ludzkości, to znaczyłoby, że ceni sobie prywatność
. Nie chciał jednoczyć się z wszystkimi ludźmi na raz, tylko z jedną Yui. A jeżeli Gendo również chciał, tak jak Seele, rozpuścić ludzkość, to chyba poszło tutaj o władzę. Istota siedząca w Evie 01 (albo Lilith, zależnie od opcji) jest "szefem" nowej ludzkości. Tylko Eva albo Lilith jest w stanie zapewnić izolację danej jednostki od reszty ludzkości. Popatrzmy, co działo się z Shinjim. Widział resztę ludzkości, miał z nią kontakt, ale "trudny do oddzielenia" był tylko od Rei (czyli Lilith). Shinji był jakby w arce Noego, nie zlał się całkowicie z innymi. To dlatego mógł zadecydować, że ludzie mają mieć jednak możliwość powrotu. Gdyby był połączony z innymi, to nie mógłby tego zrobić. Zjednoczona ludzkość może podejmować tylko decyzję kolektywną. I takiego losu właśnie Gendo chciał sobie oszczędzić.
Mam jeszcze drugą opcję planu Gendo: chciał, tak jak Yui, zostać aniołem, wykorzystując do tego celu ciało Lilith. Chciał do niej wsiąść, jak do Evy. Oczywiście Rei puściła go kantem. Prawdopodobnie w tym właśnie celu Gendo wszczepił sobie Adama w rękę. W tej interpretacji Gendo nie "zlewa" się z Yui, tylko staje się istotą podobną do niej.
EDIT:
Follow Me, pełnowartościowa Eva była tylko jedna! Tylko 01 ma silnik S2. Więc strata dwóch jednostek (a tak naprawdę czterech) nic tu nie znaczy. A Gendo jest członkiem Seele, więc i tak jakby co, to Eva by się dla niego znalazła.
Później zrobiono wprawdzie Evy seryjne z silnikami S2, ale wtedy już Seele zmieniło zdanie co do HCP. Z resztą, wewnątrz samego Seele też są różnice zdań co do przebiegu komplementacji.
Jeszcze jeden edit: "Seele" to po niemiecku "dusza". Jak myślicie, czyja dusza? Oczywiście dusza Evy. Seele to ci, których dusze miały być umieszczone w Evach, takie szychy
. I to dlatego do pilotowania Evangelionów trzeba używać dzieci, bo dorosły od razu zostałby wchłonięty i zająłby miejsce seelowcowi.