Z reguły metylacja jest usuwana podczas tworzenia zygoty, ale zdarza się, że informacja metylacji jest dziedziczona, nawet jeśli nie było jej w genach wyjściowych danego organizmu. Inaczej mówiąc - zmiana która dokonała się w trakcie życia osobnika, może być dziedziczona. Przykładem może być Zespół Angelmanna - wyłączenie aktywności pewnego genu w chromosomie płciowym powoduje niedorozwój, padaczkę i skłonność do częstego śmiechu. Z reguły jednak są to zmiany nietrwałe, cofające się po kilku transkrypcjach. W ten sposób mogą być wyłączane niektóre geny - na przyklad przy radykalnej zmianie diety może zmienić się aktywność genów odpowiedzialnych za skład soków trawiennych.
Hamowanie genów odpowiedzialnych za apoptozę, wykazano w nowotworach, toteż niektórzy zastanawiają się, czy nie dało by się wykorzystać w terapii enzymów usuwających metylację.
Inne tego typu procesy, to deaminacja cytozyny i metylacja histonów. Tymi procesami zajmuje się epigenetyka.
U ssaków stale zmetylowane jest ok. 5% nukleotydów, u roślin aż 30%