No to tak, wiedzmy jako takie znikły, a zastąpiły je "demony" jako odbicie bólu, smutku, nienawiści, itd. Co do reszty czarodziejek, jak było widać, te które po prostu zginęły, jak Sakura, czy Mami, powróciły, lecz nie pamiętały żadnych wydarzeń, ani samej Madoki. Jedynie Sayaka została wyciągnięta z "rozpaczy" przez Madokę, niestety znikła ona podobnie jak Madoka, tylko zamiast zmienić sie w wiedźmę jak za pierwszym razem, odeszła poświęcając cala energię na ostateczny atak. Po za tym cała jej przeszłość została zapisana na nowo, bez Madoki, itd.
Natomiast czarodziejki, które zmieniły się w wiedzmy, zostały oczyszczone, a dokładniej ich dusze zostały oczyszczone i odesłane do nieba (?).
Same soul gemy zostały "oczyszczone" przez Madokę, wtedy kiedy kształtowała nowy świat, a dokładniej znikły zastąpione nowymi. Bo w końcu wszystkie Puella Magi nadal maja kryształy. Tylko że nowe kryształy przekazują całą energię nie mogąc zostac zanieczyszczonymi. Mogą umrzeć jeśli nieuważnie wykorzystają cała moc, zakładam iż jest jakiś rytuał na przywrucenie energi kryształowi, zapewne to co robi Homura w rozmowie z Kjubem.